ニコニコ動画ダウンロードスクリプト Ver3 はダウンロードして使うものではなくスクリプトをブックマークに登録して使うスクリプトです。
http://guron.net/document/content/javascript/nikoniko3.php#syousai
ここを参考にしてブックマークに登録してください。
登録したら使いたいところで登録したブックマークを使えばスクリプトが実行されます。

ニコニコ動画ダウンロードスクリプト Ver3 をダウンロードしようとしたのですが、「ページにエラーが発生しました。」と、出るだけでダウンロードできません。

お忙しいところ誠に恐縮ですが、お手すきの時にでも確認していただけませんでしょうか？
もし、こちらの環境(XP・光回線・IE6・CPU 2.8GHz 512MB)のせいでしたら申し訳ありません。

空白と空白の文字化けの件について分かりました。

初期のBOXサイズは、http://nico.grn-web.net/jsset.phpで自由に決定できるようになっています。
ここでBOXの縦と横幅が空欄になっていると昔のデフォルトの値になります。
設定してもうまく治らない場合は、nico.grn-web.netのCookieを一度削除してみてください。
nico.grn-web.netのCookieを削除するとプレイリストのデータも消えてしまいます。

リクエストがあります。
まず、空白の件ですが、

U+202A　→‪←
U+202B　→‫←
U+202C　→‬←
U+202D　→‭←
U+202E　→‮←

の追加をお願いします。ゼロ幅のため、矢印の間に入れてあります。

また0E3Aは化けるようなので、空白2の方へ移動させてください。

また、Boxの大きさについてですが、
現在は設定をしないと、初めはかなり小さいサイズになっていると思います。
それを以前のように設定せずに初めからある程度の大きさを持たせることはできないでしょうか？
できるのであれば、私はそちらの方がいいのですが・・・
お願いします。